ภารกิจสำคัญของมูลนิธิโครงการหลวงคือ การพัฒนาอาชีพให้แก่ชาวเขาที่อาศัยอยู่บนพื้นที่สูง ซึ่งเป็นเขตป่าต้นน้ำลำธารสำคัญของประเทศไทย ในการทำการเกษตรบนพื้นที่สูง นอกจากจะต้องคำนึงถึงความปลอดภัยของผู้ผลิตและผู้บริโภคแล้ว ยังต้องเป็นการเกษตรที่ดูแลรักษาสิ่งแวดล้อมควบคู่ไปด้วย โดยเริ่มตั้งแต่กระบวนการผลิตในไร่นา ดิน น้ำ ต้องปราศจากโลหะ ,จุลินทรีย์ และสารพิษตกค้าง รวมไปถึงการคัดเลือกพันธุ์พืชและการปรับสภาพดินให้เหมาะสม การป้องกันศัตรูพืชด้วยวิธีผสมผสาน

ศูนย์อารักขาพืช มูลนิธิโครงการหลวง เป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่ในการควบคุมการใช้สารอารักขาพืชเป็นผู้ทำหน้าที่ถ่ายทอดความรู้ และวิชาการด้านการอารักขาพืชให้แก่เกษตรกรของมูลนิธิโครงการหลวง โดยนักวิชาการอารักขาพืชทำงานวิจัยพัฒนาด้านงานอารักขาพืช ส่งเสริมการใช้ชีวภัณฑ์ สารทดแทน และแมลงศัตรู โดยมุ่งเน้นการลดการใช้สารเคมีของเกษตรกรลง และพยายามส่งเสริมการใช้สารชีวภัณฑ์และสารทดแทน มาอย่างต่อเนื่องในปี 2559 มูลนิธิโครงการหลวงได้อนุมัติให้ตั้งโรงชีวภัณฑ์และได้ดำเนินการผลิตสารชีวภาพเพื่อจำหน่ายให้แก่เกษตรกรเพื่อใช้ควบคุมศัตรูพืชในพื้นที่ของศูนย์พัฒนาโครงการหลวง และสถานีวิจัยเกษตรหลวงได้มากขึ้น

ศูนย์อารักขาพืชได้ร่วมกับสถาบันวิจัยและพัฒนาพื้นที่สูง (องค์การมหาชน) วิจัยและพัฒนาสารทดแทนสารเคมีชนิดใหม่ ได้แก่ ฟีโรโมนดึงดูดแมลงวันแตง เป็นผลิตภัณฑ์ที่สามารถใช้ดึงดูดแมลงวันแตง ซึ่งเป็นแมลงที่เข้าทำลายพืชหลายชนิดโดยเฉพาะพืชตระกูลแตง นอกจากนี้ฟีโรโมนชนิดนี้ยังสามารถดึงดูดแมลงวันทองและแมลงวันฝรั่งได้ ในแปลงปลูกของเกษตรกรที่มีการนำกับดักฟีโรโมนดังกล่าวไปใช้ พบว่าได้ผลิตผลที่มีคุณภาพดี มีการเข้าทำลายของแมลงวันแตงน้อยกว่าแปลงที่ไม่ได้ใช้กับดักฟีโรโมน ปัจจุบันได้มีการใช้ฟีโรโมนแมลงวันแตงในศูนย์นำร่อง ได้แก่ ศูนย์ฯ วัดจันทร์ แม่แฮ ห้วยโป่ง และ สถานีฯ ปางดะ เป็นต้น

การเตรียมกับดักฟีโรโมน โดยการนำฟีโรโมนไปไว้ในกับดัก โดยใช้ขวดน้ำพลาสติกที่ใช้แล้วเป็นกับดัก และใช้หลอดที่ใช้สำหรับทำหลอดยาดมมาหยดสารฟีโรโมนลงไป จำนวน 6 หยด (ด้านละ 3 หยด) เป็นหลอด ฟีโรโมน ส่วนขวดน้ำพลาสติกนำมาตัดส่วนบน ยาว 4 นิ้ว แล้วนำหลอดฟีโรโมนที่เตรียมไว้มาแขวนกับลวดดังภาพที่1 (ก) จากนั้นนำขวดส่วนบนมาประกอบเข้ากับส่วนล่างของขวดดังภาพที่1 (ข) นำไปแขวนรอบแปลงปลูก ระยะห่าง 8 เมตรต่อกับดัก กับดักฟีโรโมน 1 กับดัก สามารถอยู่ได้นาน 5 สัปดาห์

การใช้ชีวภัณฑ์และผลิตภัณฑ์ที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม ในการปราบศัตรูพืชเพื่อทดแทนสารเคมี จึงเป็นทางเลือกที่สำคัญในการลดการใช้สารเคมี ในระบบการเพาะปลูกที่ดี (GAP) เพื่อสร้างความปลอดภัยให้กับเกษตรกร ผู้บริโภค และสิ่งแวดล้อม ผู้บริโภคมั่นใจในคุณภาพของผลิตผล โครงการหลวง ตามสโลแกนที่ว่า “ดี อร่อย” ซึ่งคำว่าดี หมายถึง สด สะอาด และปลอดภัย